История игры начинается через несколько лет после окончания событий первой части. "Вернувшись в родной Вавилон, Принц обнаруживает, что за ним охотится сверхъестественное создание Dahaka - перевоплощение самой Судьбы, жаждущее лишь одного: скорейшей смерти того, кто его потревожил.
Принц позабыл, что во время спасения дворца султана, ему ненароком удалось прорвать единое Полотно Времени, вызвав тем самым в наш мир пришествие ужасного демона. Наш герой решается на самый отчаянный шаг - путешествие в прошлое. Нужно предотвратить появление Песков Времени, чтобы восстановить прежний баланс сил.